Honkavaara ersätter Kim Bergstrand och Thomas Lagerlöf, som fick lämna klubben i höstas och som tillfälligt ersattes av Roberth Björknesjö.
Kontraktet med Honkavaara, som ansluter från finska mästarlaget Kups, är skrivet över tre år.
– Fantastiskt kul och det känns nästan lite overkligt att vara här i Djurgården, säger Honkavaara klubbens hemsida.
Under året han har lett Kups till seger i både ligan och cupen. För sina prestationer utsågs han till årets tränare i Finland.
– Vi är väldigt glada över att Jani valde att komma till Djurgården – en person som har gjort stort intryck på oss, både som person och ledare, säger Djurgårdens sportchef Bosse Andersson.